Un paciente que se vuelve disneico y desatura cuando se lo coloca en posición vertical debe ser evaluado para detectar un cortocircuito de derecha a izquierda. Un foramen oval permeable es la explicación más común para un paciente que presenta platipnea (disnea en posición vertical) y ortodeoxia (hipoxemia arterial en posición vertical), pero este fenómeno también se ha observado con neumonectomía, embolias pulmonares recurrentes y malformaciones arteriovenosas (AV) pulmonares.

La tríada de lacrimegalia, tos que responde sólo a esteroides y adenopatía hiliar o paratraqueal sugiere sarcoidosis. 

El diagnóstico diferencial de una masa mediastínica anterior incluye timoma, linfoma, teratoma, quistes mediastínicos y tiroides subesternal. El timoma es la causa más común de una masa mediastínica anterior, seguido del linfoma. Una masa en el mediastino anterior tiene más probabilidades de ser maligna que las masas en los compartimentos medio o posterior. 

 La osteoartropatía pulmonar hipertrófica (OHP), también conocida como síndrome de Bamberger-Pierre Marie, se puede detectar clínicamente por hipocratismo digital, periostitis bilateral dolorosa de la tibia y el peroné (más comúnmente) y derrames sinoviales. La neoplasia más común asociada con la OHP es el carcinoma broncogénico (más notablemente el adenocarcinoma). La OHP también puede acompañar a infecciones crónicas (bronquiectasias, absceso pulmonar, endocarditis bacteriana subaguda), neumonía intersticial crónica y enfermedad inflamatoria intestinal. La ausencia de hipocratismo digital hace que el diagnóstico de OHP sea menos probable.

 La sarcoidosis que se presenta con poliartritis, eritema nodoso y adenopatía hiliar se denomina síndrome de Lofgren, que tiene un pronóstico excelente sin corticosteroides sistémicos. La aspirina a menudo alivia el dolor artrítico. Esta presentación es más común en mujeres con sarcoidosis. La poliartritis afecta más comúnmente los tobillos y las rodillas y puede confundirse con artritis reactiva. La sarcoidosis siempre debe incluirse en el diagnóstico diferencial de la poliartritis seronegativa.

 La estenosis de la arteria renal debe considerarse en el diagnóstico diferencial del edema pulmonar repentino.

 Los nódulos y las lesiones quísticas que predominan en las zonas medias y superiores del pulmón en el estudio de radiografía de tórax o TCAR, especialmente en el contexto de un consumo de tabaco, son altamente sugestivos de histiocitosis pulmonar X (granuloma eosinofílico). Esta enfermedad se detecta a menudo en el cribado de rutina de adultos asintomáticos. Los síntomas más comunes son tos no productiva y disnea. Los neumotórax recurrentes, las lesiones óseas osteolíticas y la diabetes insípida refuerzan el diagnóstico. El abandono del tabaco es la terapia más importante.